小刚来到了尼比道馆找到了阿龙（道馆裁判，阿龙是一个二十多岁的中年人，是小精灵联盟派遣来尼比道馆当裁判的）。阿龙给了小刚一包东西，小刚打开来了，里面有一个图鉴，五个空宝贝球、一个里面装着小拳石的宝贝球和一张联盟卡。小刚心想：“不知道卡里有多少钱。只知道道馆训练家每个月有钱拿。这就足够了。”小刚拿着这包东西就回家了。
小刚来到了道馆一边训练小精灵，一边看有没有人有要打道馆赛。到了晚上回家照顾弟弟妹妹。不觉过去了两年的了，这两年来挑战道馆新手训练家也不知道有多少人。每次对战完之后。训练家赢了就给徽章，输了就教他们如何训练小精灵。等变强了再来挑战道馆。然而小刚这么做。尼比道馆和小刚就这样在关都地区出名了。关东地区的训练家都知道尼比市的尼比道馆，馆长小刚会教别人怎么训练神奇宝贝变强。
这一天小刚跟往常一样来到了道馆。突然一个声音传了过来。“有人吗？我要挑战道馆。”一个带着帽子穿着蓝色短袖，还有肩膀上站着一只皮卡丘的男孩说道。跟他一起来的还有一穿着牛仔短裤，有着橘色马尾辫，穿着黄色短袖和短裤的女孩。小刚看到他们的打扮就知道他们就是前世动漫里主角小智和第一部的女主角小霞。小刚看到小智和小霞就想起动漫里小刚是个花痴汉。但他有一个梦想是第一小精灵饲育家。心想“我穿成了你，我一定会帮你实现愿望的”
小刚看了看他们走过去问道“你们谁要挑战道馆”男孩说道“我是真新镇的小智，我旁边的女孩叫小霞，是我要挑战尼比道馆。”小刚听完小智的话回答说到“我是这尼比道馆馆主小刚，尼比道馆的规则是2对2，可以吧！”小智心急的说道“可以，开始吧！”阿龙站在对战场地中间那个位置说道“现在由小智先生挑战小刚先生做道馆2对2比赛，训练家可以替换小精灵、道馆馆长而不能替换小精灵，现在比赛开始。”阿龙说完就跑在边上去了。
小刚拿出宝贝球丢了过去然后说道“出来吧！小拳石”小智拿出图鉴查看了小拳石的知识。然后也从腰上皮带拿出宝贝球说道“比比鸟，出来吧！”一个像小鸟的小精灵出来了。
“比比鸟，使用烈暴风，”小智刚说完。比比鸟就“比～”的叫一声的扇动翅膀，一阵烈暴风吹向小拳石。“小拳石，用挖地洞”小刚看到比比鸟使用了烈暴风，不慌不忙的说到。小拳石听完小刚的话就在地面上挖了一下地洞。躲了过去。
小智看见小拳石躲过去了就又说了一句“比比鸟，使用翅膀攻击。”“小拳石，接下来。”小刚说道，小拳石两只石头手抓住了比比鸟的翅膀。“然后再扔出去，使用滚动”小拳石把手抱在一起向比比鸟滚动过去，比比鸟受到了滚动绝招的伤害就失去了战斗能力。
阿龙看到比比鸟失去战斗能力就说道“比比鸟失去战斗能力，请挑战者更换小精灵。”小智听到裁判的话就叫站在自己肩膀上的小精灵站在对战台上。裁判阿龙看见小智换上了皮卡丘就说道“现在皮卡丘与小拳石的比赛开始”
“皮卡丘使用电击，”小智大声说道。一道电击攻向小拳石，电光闪过后小智看见小拳石一点伤害都没有，小刚看到就发现是个好机会就对着小拳石指挥
“小拳石使用滚动，”小拳石的滚动一下就让小智的皮卡丘失去了站斗能力。小智看到皮卡丘失去了站斗能力，就跑过去抱起来皮卡丘。
小刚走过去看了一眼皮卡丘对小智说“皮卡丘没事，休息一下就好了”小智听完小刚的话说道“谢谢你告诉我皮卡丘的情况。下次能让挑战道馆吗？小刚回答“可以。”小智听完小刚的话就带着小霞出道馆了。
小智他们刚走出道馆，小刚的脑海里就“叮”的响一声“恭喜宿主跟这个世界的主角见面并赢了他，复合条件。开起积分系统，我是你的系统小精灵，”小刚听完脑海的话就问道“谁在那说话？你又是谁，你在哪里？”系统小精灵说道“，我是你的系统精灵，只要你在脑海里想进入系统。你就可以看到我了”
小刚按照系统小精灵的话来做，小刚就看到了一个光圈走了进去看道了一个像安卓系统的小精灵在眼前问道“你就是我的系统小精灵，怎么长这样了，有什么功能吗？”系统小精灵说“这是我刚起动的样了，可以跟据宿主的爱好来变化的。功能你就自己看吧！”小刚面前有一个屏幕。屏幕上面写着“探查”、“药品”“精灵”“精灵蛋”
探查分为修改特性和探查小精灵的资质。药品分别小精灵食物和治疗小精灵的药物，也有人类用的药。精灵是小精灵，精灵蛋就是小精灵的蛋。
小刚查看了小精灵的价格贵的要死，一个小拉达都有1000积分，不用说那些神兽。发现是用积分交易的就问系统小精灵“这积分怎么获得，还有你就叫小灵吧！这样更顺口，”系统说道“感谢宿主赐名，我就叫小灵了，积分是做任务获得的。”小刚看完功能后就退出了脑海。
过几天，小智又来挑战道馆了，小智像动漫一样皮卡丘打破了防火阀，漏水下来小智赢得了比赛。小刚给徽章给小智的时候，脑海里“叮”得一声响。小刚看了一下：主线任务跟着主角小智一起旅行到关都联盟，完成奖励积分：50000。
小刚看任务就问小智“小智